Trước tháng 4-1975 cả Cảng Nha Trang và Cảng Ba Ngòi đều thuộc sự quản lý của Nha Thương Cảng Đà Nẵng về mặt hành chính, còn việc bốc xếp thuộc hai nghiệp đoàn tư nhân đảm nhận.Vào thời kỳ đó cảng Nha Trang có một cầu tàu dài 90m bằng kết cấu thép, được xây dựng từ những năm 1960 nên đã hư hỏng nặng, chỉ cho phép các tàu dưới 4000DWT cập cầu làm hàng.

Ngày 9-2-1976 bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải có quyết định số 432/QĐ_TC thành lập cảng Nha Trang - Ba Ngòi trực thuộc Tổng cục đường biển thuộc Bộ Giao thông Vận tải Việt Nam. Cảng Nha Trang- Ba Ngòi gồm 2 cảng: Cảng Nha Trang thuộc thành phố Nha Trang và cảng Ba Ngòi thuộc huyện Cam Ranh cả hai đều trực thuộc tỉnh Phú Khánh

Từ năm 1990 cảng đã được Bộ GTVT giao nhiệm vụ sản xuất tự trang trải và bảo toàn vốn. Đến tháng 11-1991 lại có quyết định chuyển cảng Ba Ngòi về trực thuộc Sở giao thông vận tải Khánh Hòa, Năm 1994 lại tách riêng Hoa Tiêu Cảng Vụ ra khỏi cảng.

Ngày 06/7/2009 Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ra quyết định số 1937/QĐ-BGTVT chuyển Cảng Nha Trang về làm đơn vị thành viên của Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam. Đến ngày 31/12/2009 Hội đồng Quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam ra quyết định số 951/QĐ-HĐQT chuyển Cảng Nha Trang thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên. Cảng Nha Trang chính thức đi vào hoạt động theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên kể từ ngày 01/04/2010. Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Cảng Nha Trang tiếp tục kế thừa thực hiện mọi quyền và nghĩa vụ đã phát sinh trước đây của Cảng Nha Trang theo quy định của pháp luật.